در اواخر قرن نوزدهم، مدارس ارمنیان جلفای اصفهان، همانند دیگر مدارس ارمنیان ایران، از درجه و رتبه مشخصی برخوردار نبودند، هر چند در پایان هر دوره به دانش آموزان گواهی نامه پایان تحصیلات اعطا و امتحانات نیز با نظم و مقررات شدید، حتی با حضور پیشوای دینی و هیأت بازرسان مرکب از افراد خبره جامعه برگزار می شد.

فعالیت مدارس ارمنیان جلفا را می توان به پنج دوره تقسیم کرد.

دوره اول:  در فاصله سال های 1880 تا 1900م/1259 تا 1279ش.

دوره دوم:  در فاصله سال های 1900 تا 1980م/1279 تا 1359ش.

دوره سوم:  سال تحصیلی 81-1980م/60ـ1359ش.

دوره چهارم:  در فاصله سال های 1981 تا 2010م/1360 تا 1389ش.

دوره پنجم:  از سال تحصیلی 11-2010م تا کنون/90-1389ش.

دوره اول: 

در سال 1880 میلادی با ادغام سه مدرسه پسرانه، که در محوطه سه کلیسا دایر بودند، «مدرسه مرکزی ملی ارمنیان جلفا» به وجود می آمد.

در سال 1858 میلادی مدرسه دخترانه در دیر راهبه ها تاسیس می شود. این مدرسه اولین مدرسه دخترانه در ایران به شمار می آید.

از سال 1892 میلادی به پیشنهاد خلیفه وقت اسقف یسایی آستوازادوریان، مدارس دختران و پسران از نظر اداری به هم می پیوندند و با نام «مدارس ملی مختلط ارمنیان جلفا» به کار خود ادامه می دهند.

در سال 1900 میلادی، پس از احداث ساختمان مدرسه «کاتارینیان مقدس»، مدرسه دخترانه از دیر راهبه ها به این ساختمان منتقل می شود.