با مشاهده ­ی این بخش از موزه تا حدودی با تاریخچه­ ی صنعت چاپ در جلفا آشنا می­ شویم. نخستین کتاب­ هایی که در ایران به چاپ رسید به کوشش و همت جلفایی ­ها بود. اولین چاپخانه­ ی ایران را پیشوای مذهبی کلیسای وانک، خاچاطور وارتاپد گِساراتسی و شاگردان وی در کلیسای وانک دایر کردند. آنان خود ماشین، کاغذ و مرکب چاپ حروف را طراحی کردند و ساختند و در 1638 میلادی (1017 شمسی) نخستین کتاب خود را با مضمون و شرح حال پدران روحانی به نام «ساقموس» (زبور داوود) در 572 صفحه به چاپ رساندند. تنها نسخه­ ی باقیمانده از این کتاب در حال حاضر در آکسفورد انگلستان نگهداری می شود و نمونه­ ی موجود در کلیسای وانک فتوکپی این کتاب است. کتاب­ های دیگری هم در زمان خلیفه گساراتسی در این چاپخانه به چاپ رسیدند، از جمله کتاب «وارک هارانس» درباره­ ی سرگذشت پدران روحانی در 705 صفحه در1641 میلادی، «خورهرتادِدر» کتابچه­ ی عشای ربانی در 48 صفحه در 1641 میلادی و «ژاماگیرک» کتاب مراسمات کلیسایی در 695 صفحه. این کتاب ها در موزه­ ی کلیسای وانک موجودند.

تنها آثار به جای مانده از اولین چاپخانه عبارت­ اند از تعدادی حروف، کتاب­ هایی که اولین بار در نقاط مختلف دنیا به زبان ارمنی چاپ شده­ اند و نیز نمونه­ هایی از هنر کتابت در آن دوران مانند انواع جلد سوخت، معرق، ضربی و روغنی مرصع و مذهب متعلق به سده­ های هفدهم تا هجدهم میلادی.

این غرفه شامل وسایل شخصی، عکس­ ها و مکاتبات شخصی یپرم خان ارمنی از سرداران انقلاب مشروطیت است که نقشی مهم در پیروزی این انقلاب داشت. اشیای این غرفه در1974 میلادی به موزه اهدا شده ­اند.

مجموعه ­ی این بخش شامل اسناد، کپی تلگراف­ های مقامات دولتی و کتاب­ های منتشر شده درباره­ی نژادکشی ارمنیان به زبان­ های مختلف، نمونه ­هایی از مکاتبات سلاطین عثمانی، نقشه­ ی پراکندگی کشتار ارمنیان در شهرهای ارمنستان غربی، تصاویر ویدیویی نژادکشی وحشیانه­ ی ترک­ های عثمانی و تظاهرات گسترده ­ی مردمی روز 24 آوریل در شهرهای ارمنی­ نشین ایران است. این غرفه در سال 2001 میلادی با کوشش و همکاری شورای خلیفه­ گری اصفهان و مؤسسه­ی ترجمه و تحقیق «هور» در تهران تأسیس شده است.

سکه ­های موزه ­ی کلیسای وانک به سه دسته­ ی الف) سکه ­های قبل از تاریخ؛ ب) سکه­ های دوران اسلامی و ج) سکه­ های دوران پادشاهی ارامنه ­ی کیلیکیه تقسیم می­ شوند که همگی آنها در دهه­ ی 1970 میلادی به موزه اهدا شده­ اند.

ارمنستان پیش از آنکه بخشی از اتحاد جماهیر شوروی سابق شود بین سال ­های 1918 ـ 1920 میلادی به استقلال رسید. نمونه­ هایی از مدارک رسمی دولتی، که در این تاریخ مورد استفاده بوده­ اند، در این غرفه به نمایش گذاشته شده است از جمله گذرنامه­ ها، تمبرها، اسکناس ­ها، سکه­ ها و اوراق مربوط به کمک مالی ارمنیان جلفا به دولت تازه تأسیس ارمنستان در آن تاریخ. این غرفه در سال 1975 میلادی افتتاح شده و مهم­ترین بخش آن بخش وسایل شخصی ایشخان هوسپ آرقوتیان، سفیر ارمنستان در ایران، است که شامل وسایل شخصی وی مانند عکس، عصا، انگشتر، اوراق شخصی و... می­ شود.

یکی از آثار جالب­ توجهی که در موزه­ ی کلیسای وانک نگهداری می­ شود تار مویی است متعلق به دختری هجده ساله که واهرام هاکوپیان در سال 1974 میلادی جمله­ ای از کتاب عهد عتیق را به زبان ارمنی با قلمی از جنس الماس بر روی آن نوشته است. این اثر در سال 1975 میلادی به موزه اهدا شده و بازدیدکنندگان می­ توانند این جمله را با میکروسکوپی که به همین منظور در محل تعبیه شده است بر روی مو ببینند.

در سال 1977 میلادی دو تندیس در قسمت ورودی موزه تعبیه شد که یکی از آنها تمثال مسروپ ماشتوتس، ابداع کننده حروف الفبای ارمنی در قرن پنجم میلادی و دیگری تمثال خاچاطور گِساراتسی، مؤسس چاپخانه­ ی کلیسای وانک در سده­ ی هفدهم میلادی است. این تندیس ها اثر هنرمند ارمنی زاوِن آیوازیان هستند.

امضای دفتر یادبود در تاریخ موزه­ ی کلیسای وانک اولین بار به دست سفیر جمهوری ارمنستان، هوسپ ایشخان آرقوتیان، در سال 1921 میلادی صورت گرفت و از آن پس دفاتر یادبود متعددی به دست بازدیدکنندگان و نیز افراد سرشناس و معروف به امضا رسیدند و این رسم همچنان تا به امروز ادامه دارد. از جمله بازدیدکنندگان موزه­ ی کلیسای وانک می­ توان به افراد زیر اشاره کرد:

شاهزاده­ ی سودان در سال 1933م، شاهزاده­ ی ژاپنی میساکا در سال 1933م، نخست وزیر آلمان در سال 1957م، ملکه­ ی دانمارک و دخترش در سال 1963م، رییس جمهور هندوستان در سال 1963م، ولیعهد دانمارک در سال 1963م، پادشاه و ملکه­ ی بلژیک در سال 1964م، شاهزاده­ ی اسپانیا در سال 1966م و کوفی عنان، دبیر کل سازمان ملل متحد، در سال 1999م.

شورای خلیفه­ گری ارامنه اصفهان و جنوب ایران افتخار دارد که با فعالیت موزه­ ی کلیسای وانک گام بلند دیگری در معرفی و نمایش غنا و تنوع فرهنگی شهر اصفهان بر می ­دارد.

حدود 170 برگ فرمان در کلیسای وانک موجود است که 22 برگ آن در موزه به نمایش گذاشته شده. این فرمان­ ها متعلق به سده­ های هفدهم تا نوزدهم میلادی و موضوع اکثر آنها درباره ­ی مهاجرت ارمنیان، دادن امتیازات تجاری و مذهبی به ارمنیان جلفا و چگونگی گرفتن مالیات از اهالی و تجار جلفایی است.

قدیمی ­ترین فرمان به تاریخ 1564 میلادی (972 قمری) مربوط می­ شود و متعلق به شاه طهماسب صفوی است. این فرمان نشان می­ دهد ارمنیان قبل از مهاجرت به جلفا ارتباط فرهنگی و تجاری نزدیکی با شاهان صفوی داشتند.

این بخش شامل انواع ساعت، مبلمان، شمعدان، جعبه، صلیب، تابلوهای منبت کاری و... است که برجسته­ ترین این آثار سازها هستند. این بخش توجه اکثر افرادی را که با موسیقی آشنایی دارند به خود جلب می­ کند. تار ساخت یحیی خان (هُوهاننِس آبکاریان)، تارساز معروف جلفا، تار ساخت مِلکُن خان جلفایی و چوگور متعلق به مانوک مانوکیان در این بخش قرار دارند.

غرفه­ ی بزرگی در موزه­ ی کلیسای وانک به ظرف چینی و سفال اختصاص داده شده. این ظروف از نظر نقش­ ها و موضوعات تزیینی تنوع فراوانی دارند و آنها را می­ توان به سه گروه تقسیم کرد: 1) ظروفی که نقش­ های تزیینی آنها ملهم از موضوعات تزیینی چینی است؛ 2) ظروفی که موضوعات تزیینی آنها ترکیبی از هنر ایرانی و چینی است؛ 3) ظروفی که نقش­ های تزیینی آنها صرفاً شامل موضوعات و سبک­ های اروپایی است. در این مجموعه ظروفی دیده می­ شوند که دارای جملات یا حروف اختصاری ارمنی هستند. این ظروف را شخصیت­ های معروف یا تجار ارمنی به کارخانه­ ها و هنرمندان سفارش می­ دادند و بر روی آنها اسم، تاریخ، شغل و... سفارش­ دهنده نوشته می­ شد.

این منسوجات را می­ توان به سه گروه الف) لباس ­های مذهبی روحانیان ارمنی؛ ب) قطعات پارچه­ ای مورد استفاده در مراسم کلیسا و ج) نمونه­ هایی از پوشاک سنتی ارمنیان جلفا تقسیم کرد.

به جرأت می ­توان گفت نظیر این اشیاء، که از افتخارات هنرهای تزینی خاص ارمنیان به شمار می ­روند، درهیچ یک از موزه­ های ایران یافت نمی­ شوند. لباس ­های روحانیان با انواع پارچه­ های زری و ترمه با دوخت­ های سنتی، که متأسفانه اکثر آنها امروزه منسوخ شده­ اند، چشم بازدیدکنندگان را خیره می ­سازند. لباس­ های محلی ارمنیان جلفا نیز از زیباترین و بارزترین مشخص ه­های فرهنگی و اجتماعی آنان و همچنین نشان دهنده­ ی تحولات تاریخی و فرهنگی­ اند. در این بخش، غرفه­ هایی نیز به نمایش انواع لباس (عروس، زن و تاجر جلفایی)، انواع کلاه، وسایل آرایش و سوزن دوزی زنان، نمونه­ هایی از وسایل سفره ­ی عقد ارمنیان و... اختصاص داده شده که تا حدودی آداب و رسوم ارمنیان را به بازدیدکنندگان معرفی می­ کنند. در کنار این اشیاء تعدادی فرش و گلیم نیز با نقوش اصیل ارمنی وجود دارد.

مجموعه آثار فلزی این موزه مشتمل بر زیورآلات طلا و نقره، کمربند، قلاب شنل، سینی، انواع جبعه­ی صلیب، عودسوز، ظرف روغن مقدس و... است که به شیوه ­های مختلفی مانند مشبک کاری، ریخته­ گری، ملیله کاری و قلمزنی ساخته و با سنگ­ های رنگارنگ قیمتی و نیمه قیمتی تزیین شده ­اند. بخش عمده ­ی این آثار مربوط به اشیای مورد استفاده در مراسم مذهبی کلیسا هستند.

نمونه­ هایی از تابلوهای گچ­بری به جا مانده از کاخ ­های صفوی از دیگر اشیاء گران­ بهای این موزه­ اند که حتی در موزه­ ی ایران هم کمتر اثری از آنها می­ توان یافت.

تابلوهای نقاشی موزه نیز مجموعه­ ای ارزنده از آثار هنری نقاشان اروپایی و ارمنی هستند. این تابلوها که بر روی کرباس، پوست، چرم، فلز و شیشه کشیده شده­ اند، اکثراً موضوعاتی مذهبی دارند، مانند تولد مسیح، رویدادهای زندگی او و حواریون، تمثال مریم مقدس و... در کنار این تابلوها تصاویری نیز از رجال ایرانی و چهره­ های معروف ارمنی با لباس­ های مخصوص ارمنیان جلفا دیده می­ شود. از آثار منحصر به فرد این موزه سیاه قلمی است از چهره­ ی حضرت ابراهیم منسوب به رامبراند.

بخشی از موزه­ی کلیسای وانک به آثار نقاش ارمنی، آبراهام گورگِنیان (1907-1967م) اختصاص دارد. گورگِنیان در آثار خود نقوش سنگ قبرهای موجود در قبرستان­ ها و محوطه­ های کلیساهای جلفا را، که مربوط به سال­ های 1600-1950م است، کپی­ برداری کرده. این تابلوها در نگاه اول یک اثر گرافیکی ساده به نظر می­ رسند، اما با کمی دقت می­ توان به ارزش هنری و معنوی آنها پی­ برد. نقوش این سنگ قبرها بیانگر تنوع مشاغل، آداب و رسوم، لباس­ ها، طبقات اجتماعی ارمنیان جلفا و... و نیز معیارهای زیباشناختی زمان خود هستند.

از جمله آثار بسیار نفیس موزه مجموعه ­ی نسخه­ های خطی آن است که حدود 40 جلد کتاب خطی را شامل می­ شود. تعدادی از این آثار تورات، انجیل مقدس و کتاب­ های مذهبی است. این مجموعه­ ی با ارزش در دو غرفه­ ی زیر به نمایش گذاشته شده­ اند:

الف) غرفه­ ی نسخه­ های متعلق به جلفای اصفهان.

ب) غرفه­ ی نسخه­ های مربوط به کتاب­ هایی که در کلیساهای ارمنستان غربی (شرق ترکیه کنونی) نوشته شده­ اند و امروزه از اکثر آنها اثری بر جای نمانده است.

بیشتر این کتاب­ ها دارای موضوعات مذهبی­ اند و از کتاب مقدس انجیل اقتباس شده­ اند. برخی از آنها نیز مربوط به اصول و مبانی دینی و اخلاقی هستند. نقاشی­ ها، تذهیب­ های کامل و مینیاتورهای متعدد با زنده­ ترین رنگ­ ها هنر نقاشان ارمنی را به نمایش می­ گذارند. قدیمی­ ترین و جالب­ ترین نسخه­ های خطی این مجموعه عبارت­ اند از انجیلی متعلق به قرن دهم میلادی نوشته شده بر روی پوست و دیگری قرآنی ترجمه شده به زبان ارمنی متعلق به قرن هجدهم میلادی.